1、溶氧
鱼菜系统的三种生物都需要氧，溶氧水平以毫克每升计量。这是对鱼菜系统影响最直接和最剧烈的水质参数。当鱼缸内溶氧低过低，鱼可能会在数小时甚至几分钟内死亡。因此，确保足够的溶氧水平对于鱼菜系统至关重要。尽管监测溶解氧水平非常重要，但它可能比较难，因为准确的溶解氧测量装置可能非常昂贵或难以买到。中小规模的系统可以通过观察三种生物，特别是鱼的生活状态来判断溶氧是否过低。
氧气直接从大气中溶解到水面，在自然低密度条件下，鱼可以在这种水中生存，但在鱼类密度较高的生产系统中，这种自然的溶氧量是不足以满足鱼类、植物和细菌的需求。因此，需要通过特殊方式加以补充。小型鱼菜系统可以通过加强水泵循环速度并加开曝气泵来实现。
每种生物体的最佳溶氧水平为5-8毫克/升。一些鱼类，包括鲤鱼和罗非鱼，可以耐受2-3毫克/升的低溶氧水平。溶解氧收水温的影响较大，随着水温升高，氧气的溶解度下降。因此，建议在温暖的地方或一年中最热的时候使用气泵增加曝气量，尤其是在养殖名贵鱼时。
2、PH值
pH值是该溶液在1至14范围内的酸性或碱性程度的量度。7的pH值为中性;低于7的任何东西都是酸性的，而高于7的东西是碱性的。溶液中氢离子（H+）相对于氢氧根离子（OH-）越多，酸性越强，反之碱性越强。
水的pH值对鱼菜系统的所有方面，特别是植物和细菌有重大影响。对于植物，pH值影响植物获得微量和宏量元素的吸收。在6.0-6.5的pH下，所有的营养物质都容易得到，但超出范围之外，植物难以吸收某些营养物质。例如，7.5的pH值会导致植物缺铁、磷和锰元素。
随着pH值得降低，细菌将氨转化为硝酸盐的能力降低，在低于6的pH值时生存将遇到困难。这可能导致硝化效率下降，水中氨或亚硝酸盐浓度可能开始增加，打破原有的生态平衡。大多数用于鱼菜系统的鱼的pH耐受范围为6.0-8.5，pH越高水中氨和亚硝酸盐的毒性越大。总之，理想的鱼菜系统水是微酸性的，最适pH范围为6-7。这个范围将保持细菌在高容量下运作，同时允许植物完全获得所有必需的微量和宏量营养素。
（1）硝化过程对PH值的影响
细菌的硝化过程自然降低了鱼菜系统系统的pH值，因为在氨转化成硝酸盐的过程中，细菌释放出氢离子，随着时间的推移，鱼菜系统系统将逐渐变得更加酸性，主要由于这种细菌活动。
（2）鱼放养密度对PH值的影响
鱼的呼吸将二氧化碳（CO2）释放到水中，该二氧化碳降低了pH，因为二氧化碳在与水接触时会部分转化为碳酸（H2CO3）。单位鱼的放养密度越高，释放的二氧化碳就越多，因此会降低整个pH值。当鱼更活跃时，如温度升高时，这种效应增加。
（3）浮游植物对PH值得影响
鱼的呼吸通过释放二氧化碳到水中来降低pH值;相反，浮游生物，藻类和水生植物的光合作用除去水中的二氧化碳并提高pH值。水生植物光合作用除去碳酸，白天pH升高，夜间呼吸作用相对较强，PH降低。在标准的RAS或鱼菜系统系统中，浮游植物水平通常较低，因此每日pH受浮游植物的影响不大。
3、水温
水温影响鱼菜系统系统的所有方面。总的来说，相互妥协这种后的范围是18-30°C。温度对溶氧量、氨的毒性都有影响;温度越高溶氧越低氨毒性越强。另外，高温会限制植物钙的吸收。鱼的植物的种类都要根据温度而变化，因为人为改变水温可能是非常耗能。温水鱼（如罗非鱼，鲤鱼，鲶鱼）和硝化细菌在22-29°C的高温下生长繁茂，一些流行的蔬菜如秋葵，卷心菜和罗勒也是如此。相反，一些常见的蔬菜，如生菜，甜菜和黄瓜在18-26°C的较冷温度下生长得更好，冷水鱼如鳟鱼不会耐受高于18°C的温度。关于不同植物和鱼类对温度的要求，我们在后面再详细解说。虽然最好选择适应当地气候的植物和鱼类，但一些措施可以适当降低温度的不利变化，比如炎热的夏季所有鱼缸、种植床和生物过滤器使用遮阳网降温，冬天加盖温室予以保温。也可以改变鱼的种类来迎合冬季和夏季之间的温差，比如春季水温升高到18度，养殖罗非鱼等温水鱼，秋季水温降低到18度时改养鳟鱼或鲟鱼。
4、总氮
氮是第四个关键的水质参数。氮最初从鱼食进入养殖系统，鱼食根据蛋白质含量的多少分成不同等级。鱼食中的部分蛋白质被鱼类吸收用于生长，其余的变成粪便尿液等废物排放到水里。这种废物直接或间接的被转化为氨，然后这个氨被细菌硝化，转化为亚硝酸盐和硝酸盐，三种化合物都有毒，但氨和亚硝酸盐的毒性比硝酸盐大倍。在硝化效率高的鱼菜系统，氨和亚硝酸盐水平应接近于零或最多0.25-1.0毫克/升，绝大部分的氨和亚硝酸盐最重转化为硝酸盐。
（1）高氨的影响
罗非鱼和鲤鱼在1.0毫克/升的浓度下就开始出现氨中毒症状。长时间暴露在此浓度或以上会导致鱼类中枢神经系统和鳃损伤，导致失去平衡，呼吸受损并抽搐。对鳃的损害导致免疫系统受到不可逆转丧失并最终死亡。
如上所述，氨毒性除了本身的浓度外还取决于pH和温度，同样的浓度，PH值和温度越高毒性越大。在化学上，氨可以在水中以两种形式存在，离子化（NH4-）和未离子化（NH3），这两种形式称为总氨氮（TAN），因为水质检测试剂盒无法区分这两种形式。在酸性条件下，氨与过量的氢离子结合（低pH意味着高浓度的H+）毒性稍微降低，也就是说NH4-毒性比NH3毒性略低，这也就是为什么PH值越高氨的毒性越高。过高的氨氮浓度不但会影响鱼的健康，当高于4mg/L还会会抑制硝化菌的活性。
（2）高亚硝酸盐的影响
亚硝酸盐对鱼有毒。与氨类似，在浓度达到0.25毫克/升时，鱼类健康会出现问题。鱼在高浓度的NO-环境中会立即死亡。即使在高于0.15mg/L但低于0.25mg/L的水平，鱼的生存压力也会增加，慢慢出现患病和死亡。亚硝酸中毒原理是影响血液中氧气的输送，导致血液变成巧克力棕色，通过鱼鳃可以观察到血液颜色的变化，如果病态或刚死亡的鱼，腮出现棕色，那可以初步断定亚硝酸盐浓度升高，要尽快采取措施。在浓度升高的初期，鱼会出现浮头呼吸，出现这种情况要首先检测溶氧浓度，如果溶氧没有问题，那极可能是亚硝酸盐中毒导致血液运输氧气的能力降低。后面将更详细地介绍鱼类健康。
（3）高硝酸盐的影响
硝酸盐的毒性远小于氨和亚硝酸盐。它是植物获得的氮主要形式，鱼可以耐受高达毫克/升的水平，某些鱼的耐受水平可高达毫克/升。高含量（毫克/升）会对植物产生负面影响，抑制植物对其他营养元素的吸收。各营养元素之间存在类似中医五行相生相克的关系，生物学上叫做协同作用和拮抗作用，比如过高的氮肥抑制钙的吸收，适当增加锌和硼会促进钙的吸收。建议将硝酸盐含量保持在毫克/升的水平更合适。